Na terenie miasta obowiązuje rozdzielczy system kanalizacji składający się z kanalizacji sanitarnej przeznaczonej wyłącznie do odprowadzania ścieków bytowych, komunalnych i przemysłowych oraz kanalizacji deszczowej przeznaczonej do odprowadzenia wód opadowych lub roztopowych gruntowych (z odwodnień, wykopów i drenaży).
Ścieki sanitarne rozbudowanym systemem kanałów grawitacyjnych, ciśnieniowych i podciśnieniowych spływają do miejskiej oczyszczalni zlokalizowanej przy ul. Gliwickiej a w przypadku osiedla Sławięcice oraz części osiedla Blachownia do oczyszczalni zakładowej w Blachowni.Długość kanalizacji sanitarnej w mieście wynosi około 205 km a długość przyłączy kanalizacyjnych około 55 km. Zasadnicza część ścieków dopływa do oczyszczalni grawitacyjnie kanałami o średnicach od 0,15 do 1,2 m a tam gdzie nie jest to możliwe ze względu na ukształtowanie terenu pracują przepompownie, które tłoczą ścieki w kierunku oczyszczalni ścieków.
MWIK Sp. z o.o. eksploatuje 102 przepompowni ścieków sanitarnych oraz 4 przepompownie wód opadowo – roztopowych.
Rzadkim w skali kraju rozwiązaniem jest kanalizacja podciśnieniowa pracująca na osiedlu Kuźniczki. Działanie jej polega na tym, że ścieki z domów spływają grawitacyjnie do studzienki ze specjalnym zaworem umieszczonej przy każdym budynku. Po napełnieniu się studzienki ścieki zostają zassane i przetransportowane do stacji podciśnieniowej, która znajduje się na skraju osiedla a następnie przepompowane do kanalizacji grawitacyjnej.
Zarówno stacja podciśnieniowa jak i przepompownie ścieków objęte są systemem monitoringu. Sygnały robocze oraz sygnalizacja przeciwwłamaniowa transmitowane są do dyspozytorni MWiK Sp. z o.o. przy ul. Dunikowskiego 14 w systemie LTE.
W nieskanalizowanych osiedlach w mieście stosuje się zbiorniki bezodpływowe, które wymagają okresowego opróżniania. Pamiętać należy, że mogą dokonywać tego tylko firmy, które mają zezwolenie na tego typu działalność.
Przewoźnicy, którzy podpisali umowę z MWiK Sp. z o.o. przywożą je na teren oczyszczalni ścieków w Kędzierzynie gdzie są przyjmowane przez automatyczną stację zlewczą. Urządzenie to umożliwia zrzut ścieków tylko samochodom, które posiadają specjalny identyfikator oraz mierzy ilość zrzuconych ścieków co każdorazowo potwierdzone jest wydrukiem.
Długość kanalizacji deszczowej w mieście wynosi około 140 km. W wyniku realizacji projektu Funduszu Spójności p.n. „Zaopatrzenie w wodę i oczyszczanie ścieków w Kędzierzynie – Koźlu” system kanalizacji deszczowej został doprowadzony do stanu formalno-prawnego zgodnego z obowiązującymi przepisami prawa. Układ odprowadzania wód opadowych i roztopowych objętych Projektem został zoptymalizowany, tak aby osiągnąć właściwe parametry pracy.
Zostały zlikwidowane nieefektywne wyloty, natomiast pozostałe wyremontowano i wyposażono w urządzenia podczyszczające wymagane aktualnym stanem prawnym.
Poza eksploatacją kanalizacji sanitarnej oraz kanalizacji deszczowej w mieście, dział kanalizacji świadczy również usługi takie jak udrażnianie kanalizacji przy pomocy specjalistycznego sprzętu czy przegląd kanałów kamerą video.
